Menurut penuturan narasumber, Bapak Aziz selaku kepala Dusun Krajan (Medono) menjelaskan para sesepuh tidak terlalu menjelaskan asal-usul desa ini terbentuk. Namun, diperkirakan Desa Medono terbentuk pada saat zaman Kesultanan Mataram Islam yang dipimpin oleh Sultan Agung Hanyokrokusumo. Sebagai penguasa Mataram, beliau mengeluarkan kebijakan untuk membuka lahan di daerah pedalaman yang belum dikuasai oleh VOC untuk memperkuat pengiriman logistik pasukan Mataram, pada saat itu Jayakarta (Batavia) masih berada di tangan VOC, Salah satu lahan yang dibuka berada di wilayah lereng utara Gunung Ungaran.

Masyarakat Desa beranggapan bahwa leluhur mereka berasal dari abdi dalem Kesultanan Mataram Islam yang bernama Dono dan Dini. Sepasang kakak beradik ini mendapat tugas untuk membuka lahan baru di pedalaman sekaligus menyebarkan agama islam kepada penduduk sekitar. Oleh sebab itu, Desa Medono merupakan Desa yang sangat berpegang teguh pada agama dan cukup religius.

Setelah berhasil melakukan tugasnya, abdi dalem yang bernama Dini dipersunting seorang pria dari daerah Limbangan kemudian menetap di daerah tersebut hingga meninggal. Sebagai bentuk penghormatan terakhir, maka desa tersebut berganti nama menjadi Medini. Sedangkan sang kakak yaitu Dono masih menetap di lereng sebelah utara dan mendirikan pondok padepokan untuk terus menyebarkan agama islam yang kemudian mendapat julukan dari mayarakat sebagai Kyai Dono.

Setelah berhasil menyebarkan dan mengembangkan padepokan, beliau menunaikan ibadah haji ke tanah suci Mekkah. Selepas pulang dari tanah suci Kyai Dono mengganti namanya menjadi Kyai Mustajab dengan maksud supaya keinginan dan doa beliau di ijabah dan dikabulkan oleh Allah SWT. Padepokan yang sudah berkembang pesat tersebut berubah menjadi sebuah perkampungan yang diberi nama Kampung Kyai Dono Sari. Nama kampung terbentuk dari kebiasaan santri yang selalu berbicara “Yo podho ngaji menyang Kyai Dono” yang kemudian berubah menjadi “Yo 7 Ngaji Medono” dan sekaligus merubah nama kampung tersebut menjadi Kampung atau Desa Medono.

K.H Mustajab (Kyai Dono) mempunyai santri yang salah satunya bernama Kyai Cokro atau lebih dikenal sebagai Kyai Ja’far. Beliau mendirikan perkampungan baru di sebelah timur Kampung Medono yang diberi nama Kampung Jambon karena banyak ditanami buah jambu biji. K.H Mustajab dan Kyai Ja’far terus mengabdi dan tetap tinggal di wilayah tersebut hingga akhir hayatnya. Makam K.H Mustajab dikenal
dengan nama Makam Dowo yang berada di wilayah sebelah utara kampung. Sedangkan Kyai Ja’far dimakamkan di sebelah barat atas kampung Jambon, yang sekarang berada di dekat bekas area penambangan batu.

Saat ini Kampung Medono dikenal secara administratif sebagai Dusun Krajan dan Kampung Jambon dikenal sebagai Dusun Jambon. Dusun Krajan terbagi menjadi empat RT dan Dusun Jambon terbagi menjadi dua RT.